合肥高新技术产业开发区人民检察院因应开发区发展需要而产生，为合肥市人民检察院派出院，1999年9月经最高院批准设立，2000年1月正式挂牌办案。检察院地域管辖包括国家级高新产业技术开发区和国家级经济技术开发区，在案件管辖方面，除了行使基层人民检察院管辖的一般刑事案件职权外，还辖合肥市范围内侵犯知识产权刑事案件。